如何RDD使用分布式方法,IPython和Spark 查找整数的中位数?该RDD元素约为700,000个元素,因此太大而无法收集和找到中位数。
RDD
这个问题类似于这个问题。但是,问题的答案是使用Scala,我不知道。
如何使用Apache Spark计算精确的中位数?
Apache Spark
使用Scala答案的思想,我试图用Python编写类似的答案。
我知道我首先要排序RDD。我不知道怎么。我看到了sortBy(按给定的RDD排序keyfunc)和sortByKey(按RDD假定的(key,value)对组成的this排序)。我认为两者都使用键值,而我RDD只有整数元素。 1. 2. 首先,我在想做什么myrdd.sortBy(lambda x: x)? 3. 接下来,我将找到rdd(rdd.count())的长度。 4. 最后,我想在rdd的中心找到一个或两个元素。我也需要这种方法的帮助。 编辑:
sortBy
keyfunc
sortByKey
key,value
myrdd.sortBy(lambda x: x)
rdd(rdd.count())
我有个主意 也许我可以索引我的索引RDD,然后键=索引和值=元素。然后我可以尝试按值排序?我不知道这是否可能,因为只有一种sortByKey方法。
正在进行的工作
SPARK-30569 - 添加DSL功能调用percentile_approx
Spark 2.0+:
你可以使用approxQuantile实现Greenwald-Khanna算法的方法:
Python:
df.approxQuantile("x", [0.5], 0.25)
Scala:
df.stat.approxQuantile("x", Array(0.5), 0.25)
最后一个参数是相对误差。数字越低,结果越准确,计算量也越多。
从Spark 2.2(SPARK-14352)开始,它支持对多个列的估算:
df.approxQuantile(["x", "y", "z"], [0.5], 0.25)
和
df.approxQuantile(Array("x", "y", "z"), Array(0.5), 0.25)
底层方法也可以用于使用approx_percentile功能的SQL聚合(全局和摸索)中:
approx_percentile
> SELECT approx_percentile(10.0, array(0.5, 0.4, 0.1), 100); [10.0,10.0,10.0] > SELECT approx_percentile(10.0, 0.5, 100); 10.0
Spark < 2.0 Python
正如我在评论中提到的那样,很可能不值得大惊小怪。如果数据相对较小(如你的情况),则只需在本地收集和计算中位数即可:
import numpy as np np.random.seed(323) rdd = sc.parallelize(np.random.randint(1000000, size=700000)) %time np.median(rdd.collect()) np.array(rdd.collect()).nbytes
在我使用了几年的旧计算机上,大约需要0.01秒的时间,大约需要5.5MB的内存。
如果数据大得多,排序将是一个限制因素,因此与其获取确切的值,不如直接在本地进行采样,收集和计算。但是,如果你真的想要使用Spark,可以使用以下方法解决问题(如果我没有弄乱任何东西):
from numpy import floor import time def quantile(rdd, p, sample=None, seed=None): """Compute a quantile of order p ∈ [0, 1] :rdd a numeric rdd :p quantile(between 0 and 1) :sample fraction of and rdd to use. If not provided we use a whole dataset :seed random number generator seed to be used with sample """ assert 0 <= p <= 1 assert sample is None or 0 < sample <= 1 seed = seed if seed is not None else time.time() rdd = rdd if sample is None else rdd.sample(False, sample, seed) rddSortedWithIndex = (rdd. sortBy(lambda x: x). zipWithIndex(). map(lambda (x, i): (i, x)). cache()) n = rddSortedWithIndex.count() h = (n - 1) * p rddX, rddXPlusOne = ( rddSortedWithIndex.lookup(x)[0] for x in int(floor(h)) + np.array([0L, 1L])) return rddX + (h - floor(h)) * (rddXPlusOne - rddX)
和一些测试:
np.median(rdd.collect()), quantile(rdd, 0.5) ## (500184.5, 500184.5) np.percentile(rdd.collect(), 25), quantile(rdd, 0.25) ## (250506.75, 250506.75) np.percentile(rdd.collect(), 75), quantile(rdd, 0.75) (750069.25, 750069.25)
最后让我们定义中位数:
from functools import partial median = partial(quantile, p=0.5)
到目前为止还算不错,但是在本地模式下需要4.66 s,而没有任何网络通信。可能有改善的方法,但是为什么还要麻烦呢?
与语言无关(Hive UDAF):
如果使用HiveContext,也可以使用Hive UDAF。具有整数值:
HiveContext
rdd.map(lambda x: (float(x), )).toDF(["x"]).registerTempTable("df") sqlContext.sql("SELECT percentile_approx(x, 0.5) FROM df")
具有连续值:
sqlContext.sql("SELECT percentile(x, 0.5) FROM df")
在其中percentile_approx可以传递一个附加参数,该参数确定要使用的记录数。
percentile_approx