如何使用python将“打印”输出重定向到文件？

一尘不染

如何使用python将“打印”输出重定向到文件？

python

我想使用python将打印重定向到.txt文件。我有一个“ for”循环，当我要将所有这些输出重定向到一个文件时，它将“打印”每个.bam文件的输出。所以我试着把

 f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f

在我的脚本的开头。但是，.txt文件中什么也没有。我的脚本是：

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xug/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    ........print....
    ........print....

所以有什么问题？除了此sys.stdout以外，还有其他方法吗？

我需要我的结果看起来像：

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

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2020-02-21

共1个答案

一尘不染

最明显的方法是打印到文件对象：

with open('out.txt', 'w') as f:
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x

但是，重定向标准输出对我也有效。像这样的一次性脚本可能很好：

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print 'i = ', i

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

从外壳本身进行外部重定向是另一个不错的选择：

./script.py > out.txt

其他问题：

脚本中的第一个文件名是什么？我看不到它已初始化。

我的第一个猜测是glob找不到任何bamfile，因此for循环不会运行。检查文件夹是否存在，并在脚本中打印出bamfiles。

2020-02-21