并行Snakemake规则

一尘不染

并行Snakemake规则

python

抱歉，如果这是一个幼稚的问题，但我仍在努力解决Snakemake的复杂性。

我有一个目录，其中包含多个文件，这些文件要并行应用规则（即，我想向集群提交相同的脚本，为每个提交指定一个不同的输入文件）。

我首先尝试对输入文件使用expand，但这仅导致提交一份作业：

CHROMS = [str(c) for c in range(1, 23)] + ["X"]
rule vep:
    input:
        expand("data/split/chr{chrom}.vcf", 
               chrom=CHROMS)
    output:
        expand("data/vep/split/chr{chrom}.ann.vcf",
               chrom=CHROMS)
    shell:
        "vep "
        "{input} "
        "{output}"

这里有替代方法吗？

谢谢！

阅读 526

2021-01-20

共1个答案

一尘不染

当前，您的工作流确实只包含一次应用“
vep”规则，在此规则中vep，所有输入和输出都作为参数执行。我不知道vep它是如何工作的，但是很可能是失败了，或者没有达到您的期望。

您可能应该在不扩展的情况下编写规则的输入和输出，并使用“全部”规则进行驱动，以进行扩展：

CHROMS = [str(c) for c in range(1, 23)] + ["X"]


rule all:
    input:
        expand("data/vep/split/chr{chrom}.ann.vcf",
               chrom=CHROMS)

rule vep:
    input:
        "data/split/chr{chrom}.vcf"
    output:
        "data/vep/split/chr{chrom}.ann.vcf"
    shell:
        "vep "
        "{input} "
        "{output}"

为了生成“ all”规则的期望输入，snakemake将确定应用“ vep”规则所需的次数和次数（即chrom通配符的值是多少）。

确保将“所有”规则放在所有其他规则之前。

2021-01-20