如前所述这里：

MySQL服务器消失（错误2006）的两个最常见的原因（和修复）是：

服务器超时并关闭了连接。怎么修：

1. 检查mysqld的my.cnf配置文件中的wait_timeout变量是否足够大。在Debian：上sudo nano /etc/mysql/my.cnf，设置wait_timeout = 600秒（当错误2006消失时，您可以调整/减小该值），然后设置sudo /etc/init.d/mysql restart。我没有检查，但是wait_timeout的默认值可能约为28800秒（8小时）。

2.
服务器丢弃了不正确或太大的数据包。如果mysqld收到的数据包太大或不正确，则认为客户端出了点问题，并关闭了连接。您可以通过增加my.cnf文件中的max_allowed_pa​​cket值来增加最大数据包大小限制。在Debian：上sudo nano /etc/mysql/my.cnf，进行设置max_allowed_packet = 64M（当错误2006消失时，您可以调整/减小该值），然后sudo /etc/init.d/mysql restart。

编辑：

请注意，MySQL选项文件尚无其命令作为注释可用（例如php.ini中的命令）。所以，你必须键入任何变化/ TWEAK
my.cnf或my.ini并将它们放在mysql/data目录或以任何其它路径的选择，如适当的组下[client]，[myslqd]等。例如：

[mysqld]
wait_timeout = 600
max_allowed_packet = 64M

然后重新启动服务器。要获取它们的值，请输入mysql客户端：

> select @@wait_timeout;
> select @@max_allowed_packet;