InnoDB和MyISAM之间的主要区别（“您询问的有关设计表或数据库的问题”）是对“参照完整性”和“事务”的支持。

如果您需要数据库来强制执行外键约束，或者您需要数据库来支持事务（即，由两个或多个DML操作进行的更改作为单个工作单元处理，则所有更改都已应用，或者所有更改都已还原）那么您将选择InnoDB引擎，因为MyISAM引擎缺少这些功能。

这是两个最大的区别。另一个大差异是并发性。使用MyISAM，DML语句将在表上获得排他锁，并且在保持该锁的同时，没有其他会话可以在表上执行SELECT或DML操作。

您询问的那两个特定引擎（InnoDB和MyISAM）具有不同的设计目标。MySQL还具有其他具有自己的设计目标的存储引擎。

因此，在InnoDB和MyISAM之间进行选择时，第一步是确定您是否需要InnoDB提供的功能。如果没有，那么MyISAM就可以考虑了。

缺少关于问题空间的更详细的讨论，对于差异的更详细的讨论是不切实际的……应用程序将如何使用数据库，多少个表，表的大小，事务负载，select的数量，插入，更新，并发要求，复制功能等。

数据库的逻辑设计应围绕数据分析和用户需求进行；使用关系数据库的选择将在以后出现，甚至更晚时将选择MySQL作为关系数据库管理系统，然后为每个表选择一个存储引擎。