我的理解是，您想访问在远程计算机上运行的mysql服务器，并通过SSH隧道侦听端口3306。

要使用命令行ssh客户端从本地计算机上的端口1234到远程计算机上的端口3306的隧道，您可以从本地计算机上键入以下命令：

ssh -L 1234:localhost:3306 mysql.server.remote

要从Java执行相同的操作，可以使用JSch（SSH2的Java实现）。从其网站：

JSch允许您连接到sshd服务器并使用端口转发，X11转发，文件传输等，并且可以将其功能集成到您自己的Java程序中。JSch已获得BSD样式许可。

例如，看一下PortForwardingL.java。会话连接后，使用诸如jdbc:mysql://localhost:1234/[database]连接URL之类的内容创建与MySQL的JDBC连接。