主要区别在于InnoDB支持事务，而MyISAM不支持。

还有许多其他区别，但是我知道的共同点是：

• 通常认为MyISAM的搜索速度更快，但是InnoDB的最新改进消除了这种差异并提高了高并发工作负载性能
• InnoDB支持事务，而MyISAM不支持
• InnoDB支持引用完整性，而MyISAM不支持
• InnoDB处理索引的方式有所不同，将主键存储为每个索引的一部分（使索引在磁盘上占据更多空间，但也更有可能覆盖索引）
• MyISAM进行表级锁定，而InnoDB可以进行行级锁定
• MySQL配置文件中使用了不同的内存/缓冲区/索引设置
• 通常说InnoDB具有更好的崩溃恢复
• 如另一个答案中所述，数据以不同的方式存储在磁盘上。我相信InnoDB在此区域是可配置的，并且每个表可以有一个文件，等等。

我敢肯定，谷歌搜索或MySQL网站将带来更多其他细节方面的差异。