在 Bash 中循环文件的内容

一尘不染

linux

如何使用Bash遍历文本文件的每一行？

使用此脚本：

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上得到这个输出：

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

（后来我想做一些$p比输出到屏幕更复杂的事情。）

环境变量SHELL是（来自 env）：

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version输出：

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version输出：

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

文件肽.txt 包含：

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

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2022-02-16

共1个答案

一尘不染

一种方法是：

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的，这具有修剪前导空格、解释反斜杠序列以及在缺少终止换行时跳过最后一行的副作用。如果有这些问题，您可以这样做：

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外地，如果循环体可以从标准输入读取，您可以使用不同的文件描述符打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里，10 只是一个任意数字（不同于 0、1、2）。

2022-02-16