背景
我想提供重现select查询所需的数据库子集。我的目标是使我的计算工作流程可重现(如在可重现研究中)。
select
问题
有没有一种方法可以将此 select 语句合并到将查询数据转储到新数据库中的脚本中,以便可以将数据库安装在新的 mysql 服务器上,并且该语句可以与新数据库一起使用。除了已在查询中使用的记录之外,新数据库不应包含记录。
更新: 为澄清起见,我对查询结果的 csv 转储不感兴趣。我需要做的是转储数据库子集,以便它可以安装在另一台机器上,然后查询本身可以是可重现的(并且可以针对同一数据集进行修改)。
例子
例如,我的分析可能会查询需要来自多个(在本例 3 中)表中的记录的数据子集:
select table1.id, table1.level, table2.name, table2.level from table1 join table2 on table1.id = table2.table1_id join table3 on table3.id = table2.table3_id where table3.name in ('fee', 'fi', 'fo', 'fum');
mysqldump具有–where选项来为给定表执行 WHERE 子句。
尽管无法 mysqldump 连接查询,但您可以从每个表中导出特定的行,以便以后从每个表中获取的每一行都将参与到连接中。
对于您给定的查询,您需要 mysqldump 三次:
首先,mysqldump所有table3行,名称在(‘fee’,’fi’,’fo’,’fum’):
mysqldump -u... -p... --where="name in ('fee','fi','fo','fum')" mydb table3 > table3.sql
接下来,从第一个 mysqldump 中 mysqldump 具有匹配 table3_id 值的所有 table2 行:
mysqldump -u... -p... --lock-all-tables --where="table3_id in (select id from table3 where name in ('fee','fi','fo','fum'))" mydb table2 > table2.sql
然后,从第二个 mysqldump 中 mysqldump 具有匹配 table1_id 值的所有 table1 行:
mysqldump -u... -p... --lock-all-tables --where="id in (select table1_id from table2 where table3_id in (select id from table3 where name in ('fee','fi','fo','fum')))" mydb table1 > table1.sql
注意:由于第二个和第三个 mysqldump 需要使用多个表,因此必须使用 –lock-all-tables。
创建新数据库:
mysqladmin -u... -p... mysqladmin create newdb
最后,将三个 mysqldump 加载到另一个数据库中,并尝试在新数据库中加入。
mysql -u... -p... -D newdb < table1.sql mysql -u... -p... -D newdb < table2.sql mysql -u... -p... -D newdb < table3.sql
在 mysql 客户端中,运行您的连接查询
mysql> use newdb mysql> select table1.id, table1.level, table2.name, table2.level from table1 join table2 on table1.id = table2.table1_id join table3 on table3.id = table2.table3_id where table3.name in ('fee', 'fi', 'fo', 'fum');
试试看 !!!
警告:如果没有正确索引,第二个和第三个 mysqldumps 可能需要永远!!!
以防万一,索引以下列:
ALTER TABLE table2 ADD INDEX (table1_id); ALTER TABLE table2 ADD INDEX (table3_id); ALTER TABLE table3 ADD INDEX (name,id);
我会考虑使用 ‘outfile’作为 SELECT 的一部分而不是 mysqldump 来解决这个问题。您可以生成所需的任何 SELECT 语句,然后在末尾附加“INTO OUTFILE ‘/path/to/outfile.csv’ …”,并为 CSV 样式输出提供适当的配置。然后,您可以简单地使用类似 ‘ LOAD DATA INFILE …’ 的语法将数据加载到新的架构位置。
例如,使用您的 SQL:
select table1.id, table1.level, table2.name, table2.level from table1 join table2 on table1.id = table2.table1_id join table3 on table3.id = table2.table3_id where table3.name in ('fee', 'fi', 'fo', 'fum') INTO OUTFILE '/tmp/fee-fi-fo-fum.csv' FIELDS TERMINATED BY ',' OPTIONALLY ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n' ;
请记住,您需要在目标磁盘分区上有足够的可用存储空间。