你的问题出在 ctypes.Structure 的字段定义中使用了位域（bit-fields）。在 ctypes 中，位域的行为可能会和预期有所不同，尤其是在涉及位数、字节对齐以及如何存储字段时。

问题分析：

1. 位域的使用：
   你定义了 ctypes.c_uint64 字段并给定了位数（例如 64 或 40 位）。然而，在 ctypes 中，位域通常是基于 ctypes.c_int 或 ctypes.c_uint 类型来定义的，这并不总是按照你想要的方式对齐或分配位数，尤其在平台或 Python 版本的实现中，ctypes 对位域的支持可能存在不一致。

2. 字段类型和位数的关系：
   在 ctypes 中，位域在内部如何存储和对齐与 Python 的 int 类型和 C 语言的实现方式有所不同。尤其在位数较少的情况下，ctypes 可能会对位进行压缩或者不完全按照预期处理。例如，给定 ctypes.c_uint64, 40 时，只有 40 位会被存储，而剩下的位可能会丢失或导致不对齐。

3. 字段对齐：
   当你使用 ctypes 定义一个包含多个不同大小字段的结构时，字段可能会根据平台的要求进行对齐，这样可能会导致某些字段的值发生意外变化。例如，在你的测试中，x.a 字段可能会显示为 0x0（没有正确存储），而其他字段则正常显示。

解决方案：

由于 ctypes 在处理位域时存在平台相关的行为，并且 Python 3.1.2 对 ctypes 位域的支持不太完善，建议使用更标准的 ctypes.Structure 方式来避免位域的复杂性，或者改用其他方法来模拟位操作。

替代方案 1：避免使用位域，改用位操作

你可以手动管理位域，并使用位运算来设置字段。这将避免 ctypes 的位域对齐问题：

import ctypes

class Blah(ctypes.Structure):
    _fields_ = [("a", ctypes.c_uint64),
                ("b", ctypes.c_uint16),
                ("c", ctypes.c_uint8),
                ("d", ctypes.c_uint8)]

    def set_values(self, a, b, c, d):
        self.a = (a & 0xFFFFFFFFFFFFFF)  # 保留最多 64 位
        self.b = b & 0xFFFF  # 保留 16 位
        self.c = c & 0xFF  # 保留 8 位
        self.d = d & 0xFF  # 保留 8 位

x = Blah()
x.set_values(0xDEAD, 0xBEEF, 0x44, 0x12)

print(hex(x.a))  # 0xDEAD
print(hex(x.b))  # 0xBEEF
print(hex(x.c))  # 0x44
print(hex(x.d))  # 0x12

替代方案 2：手动指定字节大小

如果你需要特定的位数，考虑手动设置字节大小并利用位运算进行操作：

import ctypes

class Blah(ctypes.Structure):
    _fields_ = [("a", ctypes.c_uint64),
                ("b", ctypes.c_uint64),
                ("c", ctypes.c_uint8),
                ("d", ctypes.c_uint8)]

    def __init__(self, a, b, c, d):
        self.a = a
        self.b = b
        self.c = c
        self.d = d

    def set_values(self, a, b, c, d):
        self.a = a
        self.b = b
        self.c = c
        self.d = d

x = Blah(0xDEAD, 0xBEEF, 0x44, 0x12)
print(hex(x.a))  # 0xDEAD
print(hex(x.b))  # 0xBEEF
print(hex(x.c))  # 0x44
print(hex(x.d))  # 0x12

在这种情况下，使用位域的目的是为了节省空间和内存，但实际上，ctypes 处理位域时并没有提供非常灵活的控制，尤其是在处理小尺寸字段时。

总结：

• 位域的支持：ctypes 对位域的支持并不像在 C 语言中那么直接，尤其是当你指定的位数与字段类型的大小不匹配时，可能会发生意外的对齐和丢失数据问题。
• 手动位运算：你可以避免使用位域，转而使用 Python 中的位运算来模拟字段分配。