我正在使用一个相当大的 snakemake 文件来调用 30 位患者的突变。工作流程的第一步是对齐。我遇到的问题是，snakemake 调度程序似乎首先为所有 30 位患者执行第一步（即对齐）。这反过来需要大量（临时）磁盘空间（>>10TB）。这是非常低效的，因为当工作流程完成时，一位患者仅占用不到 1 GB（仅 vcf 文件）。
所以我的问题是，是否有一种方法可以“强制”snakemake在开始为新患者进行对齐（第一步）之前完成对一名患者的处理，同时仍然使一切并行化。
我尝试了--prioritize优先考虑工作流程的最后一条规则的选项，但这似乎没有起到作用。
--prioritize
我认为您可以以某种方式设置disk_mb 资源，以使 snakemake 不会超出该资源。
disk_mb
例如，您有 100 GB 的磁盘空间，并且每个对齐最多占用 30 GB，则以下内容应限制 snakemake 同时最多运行 3 个对齐（并假设下一步所需的空间可以忽略不计 - 根据需要进行编辑）：
rule align: input: ... output: ... resources: disk_mb=30000 ...
运行身份：
snakemake --resources disk_mb=100000 ...
