事后看来，答案是显而易见的。Spring-Boot的maven插件重写了原始清单文件，因此使用maven jar插件，清单可以正常编写。像这样：

<build>
    <plugins>
        <plugin>
            <groupId>org.springframework.boot</groupId>
            <artifactId>spring-boot-maven-plugin</artifactId>
        </plugin>

        <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
            <configuration>
                <archive>
                    <manifestEntries>
                        <splashscreen-image>${image.name}</splashscreen-image>
                    </manifestEntries>
                </archive>
            </configuration>
        </plugin>

    </plugins>
</build>