在Bash中循环浏览文件内容

一尘不染

linux

如何使用Bash遍历文本文件的每一行？

使用此脚本：

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上得到以下输出：

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

（稍后，我想做的事情$p不只是输出到屏幕上。）

环境变量 SHELL 是（来自env）：

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version 输出：

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version 输出：

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

肽文件.txt文件包含：

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

阅读 274

2020-06-02

共1个答案

一尘不染

一种方法是：

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中指出的那样，这样做的副作用是修剪前导空白，解释反斜杠序列以及如果最后一行缺少换行符则跳过最后一行。如果有这些问题，可以执行以下操作：

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

如果循环体可以从标准输入中读取异常，则可以使用其他文件描述符打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

在这里，10只是一个任意数字（不同于0、1、2）。

2020-06-02