一尘不染

pandas中的for循环真的不好吗?我什么时候应该在意?

python

for循环真正的“坏”?如果不是,在什么情况下它们会比使用更常规的“矢量化”方法更好?1个

我熟悉“矢量化”的概念,以及熊猫如何利用矢量化技术来加快计算速度。向量化功能在整个系列或DataFrame上广播操作,以实现比传统上迭代数据快得多的加速。

但是,我很惊讶地看到很多代码(包括来自Stack Overflow的答案)提供了解决问题的解决方案,这些问题涉及使用for循环和列表推导遍历数据。文档和API指出,循环是“不好的”循环,并且“绝不能”循环遍历数组,序列或DataFrame。那么,为什么有时我会看到用户建议基于循环的解决方案?


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2020-02-11

共1个答案

一尘不染

TLDR;不,for循环并非总会“坏”,至少并非总是如此。说某些矢量化操作比迭代慢,而不是说迭代快于某些矢量化操作,可能更准确。知道何时以及为什么是使代码获得最大性能的关键。简而言之,在这些情况下,值得考虑使用矢量化熊猫函数的替代方法:

  1. 当你的数据很小(…取决于你的工作)时,
  2. 处理object/ mixed dtypes
  3. 使用str/ regex访问器功能时

让我们分别检查这些情况。

小数据上的迭代v / s矢量化

熊猫在其API设计中遵循“配置惯例”方法。这意味着已经安装了相同的API,以适应广泛的数据和用例。

调用pandas函数时,该函数必须在内部处理以下各项(除其他事项外),以确保工作正常

索引/轴对齐
处理混合数据类型
处理丢失的数据
几乎每个函数都必须在不同程度上处理这些问题,这带来了开销。数字函数(例如Series.add)的开销较少,而字符串函数(例如Series.str.replace)的开销更为明显。

for另一方面,循环比你想象的要快。更好的是列表理解(通过for循环创建列表)更快,因为它们是优化的列表创建迭代机制。

列表理解遵循模式

[f(x) for x in seq]

seq熊猫系列或DataFrame列在哪里。或者,当对多列进行操作时,

[f(x, y) for x, y in zip(seq1, seq2)]

seq1seq2列。

数值比较

考虑一个简单的布尔索引操作。列表推导方法已针对Series.ne(!=)和进行计时query。功能如下:

# Boolean indexing with Numeric value comparison.
df[df.A != df.B]                            # vectorized !=
df.query('A != B')                          # query (numexpr)
df[[x != y for x, y in zip(df.A, df.B)]]    # list comp

为简单起见,本文中使用了该perfplot包来运行所有的timeit测试。以上操作的时间安排如下:

在此处输入图片说明

query对于中等大小的N,列表理解要胜过,甚至对于较小的N而言,列表理解要胜过向量化不等于比较。不幸的是,列表理解是线性扩展的,因此对于较大的N而言,它不能提供太多的性能提升。

注意
值得一提的是,列表理解的许多好处来自于不必担心索引对齐,但是这意味着,如果你的代码依赖于索引对齐,则此操作会中断。在某些情况下,可以将对基础NumPy数组的矢量化操作视为“两全其美”,从而实现了矢量化,而没有熊猫函数的所有不必要开销。这意味着你可以将上面的操作重写为

df[df.A.values != df.B.values]

它的性能优于熊猫和列表理解同等物:

NumPy矢量化不在本文讨论范围之内,但是如果性能很重要,则绝对值得考虑。

值计数

再举一个例子-这次是另一个比循环快的普通 python构造- collections.Counter。一个常见的要求是计算值计数并将结果作为字典返回。这与做value_counts,np.unique以及Counter:

# Value Counts comparison.
ser.value_counts(sort=False).to_dict()           # value_counts
dict(zip(*np.unique(ser, return_counts=True)))   # np.unique
Counter(ser)                                     # Counter

结果更明显,Counter在较大的小N(〜3500)范围内胜过两种矢量化方法。

注意
更多琐事(由@ user2357112提供)。的Counter实现是使用C加速器实现的,因此尽管它仍然必须使用python对象而不是底层的C数据类型,但它仍比for循环快。Python的力量!

当然,从这里获得的好处是性能取决于你的数据和用例。这些示例的目的是说服你不要将这些解决方案排除为合法选项。如果这些仍然不能满足你的需求,那么总会有cython和numba。让我们将此测试添加到混合中。

from numba import njit, prange

@njit(parallel=True)
def get_mask(x, y):
    result = [False] * len(x)
    for i in prange(len(x)):
        result[i] = x[i] != y[i]

    return np.array(result)

df[get_mask(df.A.values, df.B.values)] # numba

Numba可以将循环python代码的JIT编译为功能非常强大的矢量化代码。了解如何使numba发挥作用需要学习。

混合/ objectdtypes的操作

基于字符串的比较再
来看第一部分的过滤示例,如果要比较的列是字符串怎么办?考虑上面相同的3个函数,但将输入DataFrame强制转换为字符串。

# Boolean indexing with string value comparison.
df[df.A != df.B]                            # vectorized !=
df.query('A != B')                          # query (numexpr)
df[[x != y for x, y in zip(df.A, df.B)]]    # list comp

那么,发生了什么变化?这里要注意的是,字符串操作本质上难以向量化。Pandas将字符串视为对象,并且对对象的所有操作都会回退到缓慢,循环的实现中。

现在,由于此循环实现被上述所有开销所包围,因此,即使这些解决方案按比例缩放,它们之间也存在恒定的幅度差异。

当涉及对可变/复杂对象的操作时,没有比较。列表理解胜过所有涉及字典和列表的操作。

通过键访问字典值
以下是从字典列中提取值的两个操作的时间安排:map和列表理解。该设置位于附录的“代码段”标题下。

# Dictionary value extraction.
ser.map(operator.itemgetter('value'))     # map
pd.Series([x.get('value') for x in ser])  # list comprehension

3个操作的位置列表索引计时,这些操作从列列表中提取第0个元素(处理异常)map,str.get访问器方法和列表理解:

# List positional indexing. 
def get_0th(lst):
    try:
        return lst[0]
    # Handle empty lists and NaNs gracefully.
    except (IndexError, TypeError):
        return np.nan
ser.map(get_0th)                                          # map
ser.str[0]                                                # str accessor
pd.Series([x[0] if len(x) > 0 else np.nan for x in ser])  # list comp
pd.Series([get_0th(x) for x in ser])                      # list comp safe

注意
如果索引很重要,则需要执行以下操作:

pd.Series([...], index=ser.index)

重建系列时。

列表扁平

化最后一个例子是扁平化列表。这是另一个常见问题,它演示了纯python的强大功能。

# Nested list flattening.
pd.DataFrame(ser.tolist()).stack().reset_index(drop=True)  # stack
pd.Series(list(chain.from_iterable(ser.tolist())))         # itertools.chain
pd.Series([y for x in ser for y in x])                     # nested list comp

无论itertools.chain.from_iterable和嵌套列表理解是纯Python结构,并且规模比更好stack的解决方案。

这些时间点充分说明了熊猫没有为混合dtypes做好准备的事实,并且你可能应该避免使用它来这样做。数据应尽可能在单独的列中作为标量值(整数/浮点数/字符串)存在。

最后,这些解决方案的适用性在很大程度上取决于你的数据。因此,最好的办法是先决定对数据进行这些操作,然后再决定要做什么。请注意,我尚未apply对这些解决方案计时,因为它会使图形倾斜(是​​的,那太慢了)。

正则表达式操作和访问器.str方法

熊猫可以应用正则表达式的操作,如str.contains,str.extractstr.extractall,以及其他的“矢量”字符串操作(例如str.split,str.find ,str.translate,等等)的字符串列。这些功能比列表理解要慢,并且是比其他功能更方便的功能。

预编译正则表达式模式并使用遍历数据通常要快得多re.compile(另请参阅使用Python的re.compile是否值得?)。列表组合等效于str.contains如下所示:

p = re.compile(...)
ser2 = pd.Series([x for x in ser if p.search(x)])

要么,

ser2 = ser[[bool(p.search(x)) for x in ser]]

如果你需要处理NaN,则可以执行以下操作

ser[[bool(p.search(x)) if pd.notnull(x) else False for x in ser]]

相当于str.extract(无组)的列表组合看起来像:

df['col2'] = [p.search(x).group(0) for x in df['col']]

如果你需要处理不匹配和NaN,则可以使用自定义函数(速度更快!):

def matcher(x):
    m = p.search(str(x))
    if m:
        return m.group(0)
    return np.nan

df['col2'] = [matcher(x) for x in df['col']]

matcher功能是非常可扩展的。根据需要,它可以适合返回每个捕获组的列表。只需提取匹配对象的groupor groups属性的查询即可。

对于str.extractall,更改p.searchp.findall

字符串提取

考虑简单的过滤操作。这个想法是提取一个大写字母开头的4位数字。

# Extracting strings.
p = re.compile(r'(?<=[A-Z])(\d{4})')
def matcher(x):
    m = p.search(x)
    if m:
        return m.group(0)
    return np.nan

ser.str.extract(r'(?<=[A-Z])(\d{4})', expand=False)   #  str.extract
pd.Series([matcher(x) for x in ser])                  #  list comprehension
2020-02-11