我回答自己的问题可能很有趣。但我还是想告诉我解决方案，其他可能也遇到过类似问题的人。

为简单起见，我使用了BASE64Encoder和BASE64Decoder。稍后，我将修改代码以使用安全/更好的加密/解密算法。

我已经使用以下代码对数据库密码（例如：root）进行了编码：

private String encode(String str) {
        BASE64Encoder encoder = new BASE64Encoder();
        str = new String(encoder.encodeBuffer(str.getBytes()));
        return str;
    }

并将编码后的密码放在我的database.properties文件中，如下所示：

之前

db.driverClassName=com.mysql.jdbc.Driver
db.url=jdbc:mysql://localhost/myDB
db.username=root
db.password=root

后

db.driverClassName=com.mysql.jdbc.Driver
db.url=jdbc:mysql://localhost/myDB
db.username=root
db.password=cm9vdA==  (Note: encoded 'root' by using BASE64Encoder)

现在，我为org.apache.commons.dbcp.BasicDataSource编写了一个包装器类，并重写了setPassword（）方法：

import java.io.IOException;
import org.apache.commons.dbcp.BasicDataSource;
import sun.misc.BASE64Decoder;

public class MyCustomBasicDataSource extends BasicDataSource{

    public CustomBasicDataSource() {
        super();
    }

    public synchronized void setPassword(String encodedPassword){
        this.password = decode(encodedPassword);
    }

    private String decode(String password) {
        BASE64Decoder decoder = new BASE64Decoder();
        String decodedPassword = null;
        try {
            decodedPassword = new String(decoder.decodeBuffer(password));
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }       
        return decodedPassword;
    }
}

这样我解码（BASE64Decoder）database.properties中提供的编码密码

并且还修改了springApplicationContext.xml文件中提到的我的dataSource bean的class属性。

<beans:bean id="dataSource" class="edu.config.db.datasource.custom.MyCustomBasicDataSource" destroy-method="close">
    <beans:property name="driverClassName"><beans:value>${db.driverClassName}</beans:value></beans:property>
    <beans:property name="url"><beans:value>${db.url}</beans:value></beans:property>
    <beans:property name="username"><beans:value>${db.username}</beans:value></beans:property>
    <beans:property name="password"><beans:value>${db.password}</beans:value></beans:property>

谢谢。