与webpack捆绑在一起时，我自己遇到了这个问题，并在此线程上找到了答案。

为我解决此问题的方法是使用以下配置：

module.exports = {
  entry: "./app",
  output: {
    path: __dirname,
    filename: "bundle.js"
  },
  module: {
      loaders: [
          {  
              test: /\.js$/,
              exclude: 'node_modules',
              loader: 'babel',
              query: {presets: ['es2015']},
          }
      ]
  },
  target: 'node'
};

通过将目标设置为节点webpack，将进行必要的更改以捆绑节点应用程序

编辑：此答案针对的是webpack 1.x，现已被取代。