如今，大多数网站不再是静态文档，而是通过操纵DOM被javascript更改的文件，所以我认为任何html文件都不应被视为静态文件？

页面本身的文件仍然是静态的。也就是说，您不是在使用服务器端代码动态创建它们。在这种情况下，浏览器中发生的事情无关紧要……想法是您无需动态生成这些文件，因为它们的内容不会更改。

我了解html或css中包含的javascript文件最好存储在客户端目录中？

文件在服务器上的存储位置无关紧要。重要的是您通常不希望从Node.js应用程序中提供静态文件。诸如此类express.static的工具仅是为了方便。有时，您的应用程序流量可能较低。在这些情况下，完全可以通过Node.js应用程序提供文件。对于任何具有适当流量负载的事物，最好将静态服务提供给诸如Nginx之类的真实Web服务器，因为这些服务器比Node.js应用程序效率更高。

您应该将应用程序代码（提供动态响应的代码，例如API服务器）保留在Node.js应用程序中。

将您的Node.js应用程序放在像Nginx这样的代理后面是一个好主意，以便该代理可以处理所有客户端交互（例如，用勺子喂慢速客户端），让您的Node.js应用程序执行其最佳工作。同样，在交通拥挤的情况下也没关系。