Python替代品，用于计算两组2d点之间的成对距离

一尘不染

Python替代品，用于计算两组2d点之间的成对距离

algorithm

在Matlab中，存在pdist2命令。给定矩阵mx2和矩阵nx2，矩阵的每一行代表一个2d点。现在，我想创建一个mxn矩阵，使(i,j)元素表示从矩阵的第一个点到矩阵的i第一个点的距离。我只是简单地调用命令。mx2``j``nx2``pdist2(M,N)

我在python中寻找替代方法。我当然可以编写2个for循环，但是由于我正在使用2个numpy数组，因此使用for循环并非总是最佳选择。在pythonUniverse中是否有针对此的优化命令？基本上，我要用Python代替MATLAB的pdist2。

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2020-07-28

共1个答案

一尘不染

您正在寻找cdist
scipy函数。它将计算两组n维矩阵之间的成对距离（默认为欧式）。

from scipy.spatial.distance import cdist
import numpy as np

X = np.arange(10).reshape(-1,2)
Y = np.arange(10).reshape(-1,2)

cdist(X, Y)

[[  0.           2.82842712   5.65685425   8.48528137  11.3137085 ]
 [  2.82842712   0.           2.82842712   5.65685425   8.48528137]
 [  5.65685425   2.82842712   0.           2.82842712   5.65685425]
 [  8.48528137   5.65685425   2.82842712   0.           2.82842712]
 [ 11.3137085    8.48528137   5.65685425   2.82842712   0.        ]]

2020-07-28