从MATLAB中的聚类算法中删除for循环

一尘不染

algorithm

我正在尝试提高OPTICS聚类算法的性能。我在开源中发现的实现对每个示例都使用了for循环，并且可以运行数小时…

我相信当系统具有足够的RAM量时，对repmat（）函数的某些使用可能有助于改善其性能。非常欢迎您提出其他改进实施的方法。

这是代码：

x是数据：[mxn]数组，其中m是样本大小，n是特征维数，在大多数情况下，该维数显着大于1。

[m,n] = size(x);

for i = 1:m
    D(i,:) = sum(((repmat(x(i,:),m,1)-x).^2),2).';
end

非常感谢。

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2020-07-28

共1个答案

一尘不染

有了足够的RAM来使用，您可以在此处使用几种方法。

方法一：
用bsxfun＆permute-

D = squeeze(sum(bsxfun(@minus,permute(x,[3 2 1]),x).^2,2))

方法2：
用pdist＆squareform-

D = squareform(pdist(x).^2)

方法3 带matrix-multiplication based euclidean distance calculations-

xt = x.';  %//'
[m,n] = size(x);
D = [x.^2 ones(size(x)) -2*x ]*[ones(size(xt)) ; xt.^2 ; xt];
D(1:m+1:end) = 0;

为了性能，我敢打赌方法三！

2020-07-28