[Instrumentation.getInitiatedClasses(ClassLoader)](http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/instrument/Instrumentation.html#getInitiatedClasses\(java.lang.ClassLoader\))
可以做你想要的。

根据文档：

返回所有类的数组，这些类的加载程序是初始加载程序。

我不确定“启动加载程序”是什么意思。如果这样不能给出正确的结果，请尝试使用该getAllLoadedClasses()方法并通过ClassLoader手动进行过滤。

如何获得的实例Instrumentation

只有代理JAR（与应用程序JAR分开）可以获取Instrumentation接口的实例。使它可用于应用程序的一种简单方法是使用一种premain方法将其创建为包含一个类的代理JAR，该方法除了Instrumentation在系统属性中保存对实例的引用外不执行任何操作。

代理类示例：

public class InstrumentHook {

    public static void premain(String agentArgs, Instrumentation inst) {
        if (agentArgs != null) {
            System.getProperties().put(AGENT_ARGS_KEY, agentArgs);
        }
        System.getProperties().put(INSTRUMENTATION_KEY, inst);
    }

    public static Instrumentation getInstrumentation() {
        return (Instrumentation) System.getProperties().get(INSTRUMENTATION_KEY);
    }

    // Needn't be a UUID - can be a String or any other object that
    // implements equals().    
    private static final Object AGENT_ARGS_KEY =
        UUID.fromString("887b43f3-c742-4b87-978d-70d2db74e40e");

    private static final Object INSTRUMENTATION_KEY =
        UUID.fromString("214ac54a-60a5-417e-b3b8-772e80a16667");

}

清单示例：

Manifest-Version: 1.0
Premain-Class: InstrumentHook

然后，启动应用程序时，应用程序必须引用生成的JAR， 并
在命令行（带有-javaagent选项）上指定结果。它可能在不同的ClassLoaders中加载了两次，但这不是问题，因为系统Properties是按进程的单例。

示例应用程序类

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        Instrumentation inst = InstrumentHook.getInstrumentation();
        for (Class<?> clazz: inst.getAllLoadedClasses()) {
            System.err.println(clazz.getName());
        }
    }
}